至是，巴延以所领兵后请帝出畋，托克托劝帝称疾不往;巴延固请，乃命太子雅克特古斯与巴延出次柳林。托克托遂与阿噜等合谋，悉拘京城门钥，命所亲信列布城门下。是夜，奉帝居玉德殿，召省、院大臣先后入见，出五门听命。夜二鼓，遣集赛伊彻察喇率三十骑抵营中，奉太子入城，又召杨瑀、范汇入，草诏数巴延罪状，命平章政事珠尔噶岱赍赴柳林。黎明，巴延遣骑士至城下问故，托克托踞城上，宣言：“有旨黜丞相一人，诸从官无罪，可各还本卫。”巴延乞陛辞，不许。道出真定，父老奉觞酒以进，巴延曰：“尔曹见子杀父事乎?”对曰：“不曾见子父杀，惟闻有臣弑君。”巴延俯首，有惭色。
以太保满济勒噶台为太师、中书右丞相，太尉塔斯哈雅为太傅、知枢密院事，特默齐为太保，御史大夫托克托为知枢密院事，旺嘉努为中书平章政事，岭北行省平章政事额森特穆尔为御史大夫。额森特穆尔，托克托之弟也。
壬寅，诏：“除托克托之外，诸王候不得悬带弓箭、瑰刀辄入内府。”
乙巳，罢各处船户提举、广东采珠提举二司。
丁未，罢通州、河西务等处抽分。
己酉，彗星如房星大，色白，状如粉絮，尾迹约长五寸馀。彗指西南，渐向西北行。
三月，甲寅，漳州义士陈君用，袭杀反贼李志甫，授君用同知漳州路总管府事。
丙辰，赦漳、潮二州民为李志甫，刘虎仔胁从之罪，褒赠军将死事者。
辛未，诏徙巴延于南恩州阳春县安置;行至龙兴路驿舍，病死。
庚辰，彗灭，自三月己酉至是日，凡三十三日。
夏，四月，丙午，诏封满济勒噶台为忠王，赐号达尔罕，固辞不受。御史请示天下以劝廉让，从之。
五月，癸丑，禁民间藏军器。
甲子，庆元奉化州山崩，水涌出平地，溺死人甚众。
丙子，帝如上都。
六月，丙申，诏废文宗庙主，迁太皇太后鸿吉哩氏于东安州安置，放雅克特古斯于高丽。
诏曰：“自武宗升遐，太后惑于憸慝，皇考出封云南。英宗遇害，皇考以武宗之嫡，逃居沙漠，宗王大臣同心翊戴，以地近先迎文宗暂总机务。继知天理人伦所在，假让位之各，以宝玺来上，皇考推诚不疑，即立为皇太子，文宗当躬迓之际，乃与其臣伊噜布哈、额勒雅、明埒栋阿等谋为不轨，使我皇考饮恨上宾。归而再御宸极，又私图传子，乃构流言，嫁祸于必巴实皇后，谓朕非明宗之子，遂俾出居遐陬，内怀愧歉，则杀额勒雅以杜口;上天不佑，随降殒罚。叔婶布达实哩，怙其势焰，不立明宗之冢嗣，而立孺稚之弟伊埒哲伯，奄复不年，诸王大臣以贤以长，扶朕践位。赖天之灵，权奸屏黜，尽孝正名，不得复缓，永惟鞠育罔极之恩，忍忘不共戴天之意。既往之罪，不可胜诛，基命太常彻去图卜特穆尔在庙之主，布达实哩削太皇太后之号，徒东安州安置，雅克特克斯放诸高丽。当时贼臣布哈、额勒雅已死，其以明埒栋阿等明正典刑。”
监察御史崔敬言：“文皇获不轨之愆，已撤庙祀，叔母有阶祸之罪，亦削鸿名。尽孝正名，斯亦足矣。惟念皇帝雅克特古斯太子，年方在幼，罹此播迁，天理人情，有所不忍。方明皇上宾，皇弟尚在襁褓，未有知识，义当矜悯。盖武宗视明、文二帝，皆亲子也，陛下与太子，皆嫡孙也。以武皇之心为心，则皆子孙，固无亲疏;以陛下之心为心，未免有彼此之论。臣请以世喻之，常人有百金之产，尚置义田，宗族困厄者，为之教养，不使失所，况皇上贵为天子，富有四海，子育黎元，当使一夫一妇无不得其所。今乃以同气之人置之度外，适足贻笑边邦，取辱外国;况蛮夷之心，不可测度，倘生它变，关系非轻，兴言及此，良为寒心!望陛下遣归太后、太子，以全母子之情，尽骨肉之义。天意回，人心悦，则宗社幸甚!”书奏，不报。未几，太后崩于东安州，雅克特古斯于中道遇害。
己亥，秦州成纪县山崩地坼。
庚戌，处州松阳、龙泉二县积雨，水涨入城中，深丈馀，溺死者五百馀人。遂昌县尤甚，平地二丈馀。桃源乡山崩，压死者三百六十馀。
秋，七月，甲寅，诏封微子为仁靖公，箕子为仁献公，比干加封为仁显忠烈公。
戊午，以星文示异，地道失宁，蝗旱相仍，颁罪己诏于天下。
戊寅，命翰林学士承旨腆哈、奎章阁学士库库等删修《大元通制》。
是月，禁色目人勿妻其叔母。
八月，帝至自上都。
九月，辛亥，明埒栋阿伏诛。
癸丑，加封汉张飞“武义忠显英烈灵惠助顺王。”
丙寅，诏：“今后有罪者，毋籍其妻女以配人。”